Il y a 4,6 milliards d'années, une légion de virus existant depuis la création de la Terre, menée par Ukaka, attaque l'humanité pour reprendre le contrôle de la planète volé par les humains. À ce moment-là, quatre héros porteurs d'un gène antiviral deviennent les Guerriers Nano Rokapa Rouge, Bleu, Rose et Jade, et en tant que divinités gardiennes de l'humanité, ils protègent la vie de la Terre et des humains aux côtés du robot géant Rokapa.