Au début du 22e siècle, une guerre nucléaire a transformé la Terre en un désert. La poignée d'humains survivants a construit la cité-état de Setos et a lancé un plan de renaissance de l'humanité. Au cours de ce processus, ils sont entrés en contact avec les Artmans, des formes de vie latentes cachées dans le manteau terrestre pendant des dizaines de milliers d'années, déclenchant un conflit pour le droit de survie sur Terre. Profitant de la concentration de toutes les forces de Setos dans la région désertique verte pour contrer l'invasion des Artmans, le général Monostar, chef de la sécurité de Setos et commandant de la principale force blindée, l'unité Armadillo, ainsi que de l'armée de l'air, a déclenché une rébellion et pris le contrôle de Setos. Cependant, la reine Isis de Setos, ayant anticipé la rébellion de Monostar, a ordonné au Dr Zarastro de faire évader Lia, qui a réussi à s'échapper. Atin, un garçon emprisonné par Monostar, a réussi à s'évader pendant que Monostar quittait la salle de contrôle. Après son évasion, Atin rencontre Lia et réussit à la tromper pour retourner dans son pays natal, mais celui-ci a déjà été contaminé par les Artmans. La flûte de Lia, Fluoga, entre en résonance avec Atin, lui permettant de piloter Gai-Run, l'un des anciens Guerriers Spirituels. Ayant confirmé la mise en marche de Gai-Run, le Dr Zarastro réalise que son hypothèse est correcte : l'arme Soulframe Gai-Run, une force puissante pour contrer les machines de guerre des Artmans laissées par une civilisation ancienne, et le système de conversion environnementale planétaire Geodeca, réagissent à un gène spécifique. Il a invité Atin à rejoindre l'équipe d'exploration de Geodeca.