L'étoile Alpha, se rapprochant de la Terre à chaque instant pour anéantir l'humanité et la conquérir. Taekwon V se dresse contre la Reine Verte et le Général Max, les dirigeants de cette étoile. Pour les punir avant que l'étoile Alpha n'entre en collision avec la Terre, Taekwon V combat la légion de robots du Général Max dans l'espace et sort victorieux, le Général Max et la plupart des méchants meurent. Mary, une androïde, suit le jeune Pico, membre de la légion de robots en retraite (Mary n'avait survécu qu'avec son cœur dans le premier film et renaît dans le second avec un petit corps, tel la Fée Clochette de Peter Pan). Furieuse de la défaite cuisante infligée par Taekwon V, la Reine Verte est confrontée à l'argument du Général Miro, grand-père de Pico, qui suggère d'abandonner la conquête de la Terre et de faire la paix avec les Terriens. Cela provoque la colère de la Reine Verte, et Pico et le Général Miro sont enfermés dans une prison électronique (sans barreaux, mais avec un courant à haute tension sur la porte). En prison, Pico apprend de son grand-père, le Général Miro, que leurs ancêtres ont épousé des humains ayant émigré de la Terre il y a très longtemps, et qu'ils sont donc aussi des descendants des Terriens. Mary, qui a surpris cette conversation, les aide à s'échapper, mais ils sont découverts par les soldats de l'étoile Alpha, et le Général Miro meurt. Ayant appris qu'il est un descendant des Terriens, Pico décide de se battre pour eux et demande à Mary d'ouvrir la voie pour que Taekwon V puisse s'infiltrer sur l'étoile Alpha, tout en lui demandant de retourner sur Terre pour le rappeler. Taekwon V, Hoon, Younghee et Mary s'infiltrent sur l'étoile Alpha et combattent les robots de celle-ci. Le faisceau de photons émis par le V de Taekwon V élimine les monstres. Hoon se bat en duel avec la Reine Verte et gagne, empêchant finalement la collision de l'étoile Alpha avec la Terre. Dans la dernière scène, Mary redevient humaine après avoir été touchée par une mystérieuse lumière d'origine inconnue. Était-ce un cadeau du ciel pour toutes les bonnes actions qu'elle a accomplies ?