Lors d'un exercice conjoint américano-coréen, Chan-seok, le second du sous-marin Jang Bogo, abat le capitaine devenu fou et est condamné à mort. Chan-seok, qui croyait être mort, se réveille dans un lieu inconnu. Laissant derrière lui les paroles énigmatiques de 202, il découvre le sous-marin nucléaire secret 'Le Fantôme'. Le sous-marin nucléaire 'Le Fantôme', reçu par le gouvernement en remplacement d'un prêt soviétique, entame sa navigation avec un équipage fantôme dont tous les dossiers ont été effacés, ne laissant que leur matricule. Le capitaine, ne faisant pas confiance au second 202, confie la clé de lancement des missiles nucléaires à Chan-seok avant d'être abattu. Chan-seok découvre que le but du voyage du 'Fantôme' est une directive d'autodestruction du gouvernement, cédant aux pressions des grandes puissances. À 600 mètres de profondeur, sous une technologie testée pour la première fois en Corée, une confrontation commence entre 202, qui s'oppose au capitaine, et Chan-seok, qui tente de l'arrêter...