Alors que le fou extraterrestre Andro, qui a conquis Andromède, ourdit un complot pour conquérir la Terre, le Dr Han réussit le vol d'essai du Super Mazinger 3 après de longues recherches. L'armée d'expédition terrestre d'Andromède tente de faire infiltrer des agents spéciaux déguisés dans le laboratoire du Dr Han pour éliminer le Super Mazinger 3, mais échoue. Pendant ce temps, l'équipe de reconnaissance terrestre d'Andromède enlève les Terriens de la base de recherche spatiale terrestre et les emmène à Andromède. Le Dr Han, Taeho, Jebbi et Ddungbo montent à bord du Super Mazinger 3 et partent pour Andromède. Le Super Mazinger 3 s'infiltre dans le quartier général d'Andro, sauve les Terriens par des actions courageuses et sans précédent, rétablit la paix dans l'univers, puis rentre sain et sauf.