Hace 4.600 millones de años, una legión de virus que existía desde el nacimiento de la Tierra, liderada por Ukaka, ataca a la humanidad para recuperar el control de la Tierra que le fue arrebatado por los humanos. En ese momento, cuatro héroes portadores de un gen antiviral se convierten en los Guerreros Nano Rokapa Rojo, Azul, Rosa y Jade, y como dioses guardianes de la humanidad, protegen la vida de la Tierra y de los humanos junto con el robot gigante Rokapa.