A principios del siglo XXII, una guerra nuclear convirtió la Tierra en un páramo. Los pocos humanos supervivientes construyeron la ciudad-estado de Setos y pusieron en marcha un plan de renacimiento de la humanidad. Durante este proceso, entraron en contacto con los Artman, formas de vida latentes ocultas en el manto terrestre durante decenas de miles de años, lo que desencadenó un conflicto por el derecho a la supervivencia en la Tierra. Aprovechando que todas las fuerzas de Setos se concentraban en el páramo verde para repeler la invasión de los Artman, el General Monostar, jefe de seguridad de Setos y comandante de la principal fuerza blindada, la unidad Armadillo, así como de la fuerza aérea, inició una rebelión y tomó el control de Setos. Sin embargo, la Reina Isis de Setos, que había previsto la rebelión de Monostar, ordenó al Dr. Zarastro que permitiera la fuga de Lia, quien logró escapar. Atin, un chico encarcelado por Monostar, logró escapar mientras Monostar abandonaba la sala de control. Tras su fuga, Atin se encuentra con Lia y logra engañarla para regresar a su tierra natal, pero esta ya ha sido contaminada por los Artman. La flauta de Lia, Fluoga, resuena con Atin, permitiéndole pilotar Gai-Run, uno de los antiguos Guerreros Espirituales. Tras confirmar la activación de Gai-Run, el Dr. Zarastro se da cuenta de que su hipótesis es correcta: el arma Soulframe Gai-Run, una poderosa fuerza para contrarrestar las máquinas de guerra de los Artman dejadas por una antigua civilización, y el sistema de conversión ambiental planetaria Geodeca, reaccionan a un gen específico. Invitó a Atin a unirse al equipo de exploración de Geodeca.