Tras la desaparición de Ja-yoon, el Arca, donde se llevaba a cabo el proyecto de la Bruja, es devastado por un ataque indiscriminado de un grupo de identidad desconocida. La chica, única superviviente, sale al mundo exterior por primera vez y, con la ayuda de Kyung-hee, a quien conoce por casualidad, vive en una granja y se adapta a una vida cotidiana cálida. Mientras tanto, a medida que convergen fuerzas con distintos propósitos —el responsable Jang, que rastrea a la chica desaparecida; la agente Jo-hyun de la sede, encargada de eliminarla por orden del creador del proyecto, Baek; y Yong-doo, el jefe de una organización que codicia la granja de Kyung-hee, junto con un misterioso cuarteto de Shanghai—, la naturaleza oculta dentro de la chica comienza a despertar…