Mientras el loco extraterrestre Andro, que ha conquistado Andrómeda, trama un complot para conquistar la Tierra, el Dr. Han logra con éxito el vuelo de prueba del Super Mazinger 3 tras una larga investigación. La fuerza expedicionaria terrestre de Andrómeda intenta infiltrar agentes especiales disfrazados en el laboratorio del Dr. Han para eliminar al Super Mazinger 3, pero fracasa. Mientras tanto, el equipo de reconocimiento terrestre de Andrómeda secuestra a los terrícolas de la base de investigación espacial terrestre y los lleva a Andrómeda. El Dr. Han, Taeho, Jebbi y Ddungbo abordan el Super Mazinger 3 y parten hacia Andrómeda. El Super Mazinger 3 se infiltra en el cuartel general de Andro, rescata a los terrícolas con hazañas valientes e incomparables, restaura la paz en el universo y luego regresa sano y salvo.