Padua, Italia, en el siglo XVIII. El científico Rapaccini realiza una investigación secreta para hacer que su hija Beatrice sea inmune a los venenos utilizando la toxicidad de las plantas. Beatrice crece encerrada en un jardín envenenado, viviendo aislada del mundo con una constitución tóxica. Giovanni, un aspirante a artista, llega a Padua, se siente fascinado por el jardín de Rapaccini y por Beatrice, y se comunica con ella a través de la pintura. Cuando Beatrice sale del jardín con Giovanni, es atacada por la gente que la considera una bruja, y Rapaccini expresa su ira hacia la humanidad. Los tres personajes, que intentan proteger su amor a su manera, finalmente se enfrentarán a una cruel realidad.