Vor 4,6 Milliarden Jahren greift eine Viruslegion, die seit der Geburt der Erde existiert und von Ukaka angeführt wird, die Menschheit an, um die von den Menschen gestohlene Kontrolle über die Erde zurückzugewinnen. Zu diesem Zeitpunkt werden vier Helden, die ein antivirales Gen tragen, zu den Nano-Kriegern Rokapa Rot, Blau, Pink und Jade, und als Schutzgötter der Menschheit verteidigen sie das Leben der Erde und der Menschen zusammen mit dem Riesenroboter Rokapa.