Anfang des 22. Jahrhunderts verwandelte ein Atomkrieg die Erde in eine Einöde. Die wenigen überlebenden Menschen errichteten die Stadtstaaten von Setos und setzten einen Plan zur Wiederbelebung der Menschheit um. Dabei kamen sie mit den Artmans in Kontakt, latenten Lebensformen, die zehntausende von Jahren im Erdmantel verborgen waren, was zu einem Konflikt um das Überlebensrecht auf der Erde führte. Während alle Streitkräfte von Setos in der grünen Einöde konzentriert waren, um die Invasion der Artmans abzuwehren, löste General Monostar, der Sicherheitschef von Setos und Kommandant der wichtigsten Panzerstreitkraft, der Armadillo-Einheit, sowie der Luftwaffe, eine Rebellion aus und übernahm die Kontrolle über Setos. Königin Isis von Setos, die die Rebellion von Monostar vorausgesehen hatte, befahl jedoch Dr. Zarastro, Lia die Flucht zu ermöglichen, was ihr auch gelang. Der von Monostar inhaftierte Junge Atin gelang die Flucht, als Monostar den Kontrollraum verließ. Nach seiner Flucht trifft Atin auf Lia und schafft es, sie zu täuschen, um in seine Heimat zurückzukehren. Doch seine Heimat wurde bereits von den Artmans kontaminiert. Liás Flöte, Fluoga, resoniert mit Atin und ermöglicht es ihm, Gai-Run, einen der alten Seelenkrieger, zu steuern. Nach Bestätigung der Aktivierung von Gai-Run erkennt Dr. Zarastro, dass seine Hypothese richtig war: Die Soulframe-Waffe Gai-Run, eine mächtige Streitmacht zur Bekämpfung der Kriegsmaschinen der Artmans, die von einer alten Zivilisation hinterlassen wurden, und das planetare Umwandlungssystem Geodeca reagieren auf ein bestimmtes Gen. Er lud Atin ein, dem Erkundungsteam für Geodeca beizutreten.