Der Alpha-Stern, der sich Sekunde für Sekunde der Erde nähert, um die Menschheit auszulöschen und die Erde zu erobern. Taekwon V stellt sich der Grünen Königin und General Max, den Anführern dieses Sterns, entgegen. Um sie zu bestrafen, bevor der Alpha-Stern mit der Erde kollidiert, kämpft Taekwon V in der Weite des Weltraums gegen die Roboterarmee von General Max und siegt. General Max und die meisten Schurken sterben. Mary, eine Androidin, folgt dem Jungen Pico, einem Mitglied der zurückweichenden Roboterarmee (Mary überlebte im ersten Teil nur mit ihrem Herzen und wurde im zweiten Teil als kleines Wesen, ähnlich wie Tinkerbell aus Peter Pan, wiedergeboren). Wütend über die vernichtende Niederlage gegen Taekwon V, schlägt Großvater Miro, der Großvater von Pico, der Grünen Königin vor, die Eroberung der Erde aufzugeben und Frieden mit den Erdlingen zu schließen. Dies erzürnt die Grüne Königin, und Pico und General Miro werden in ein elektronisches Gefängnis gesperrt (ohne Gitterstäbe, aber mit Hochspannung an der Tür). Im Gefängnis erfährt Pico von seinem Großvater General Miro, dass ihre Vorfahren vor langer Zeit Menschen geheiratet hatten, die von der Erde ausgewandert waren, und dass sie daher auch Nachfahren der Erdlinge seien. Mary, die dies belauscht, hilft den beiden bei der Flucht, doch sie werden von den Soldaten des Alpha-Sterns entdeckt und General Miro stirbt. Da Pico nun weiß, dass er ein Nachfahre der Erdlinge ist, beschließt er, für die Erdlinge zu kämpfen, und bittet Mary, Taekwon V den Zugang zum Alpha-Stern zu ermöglichen, während sie nach der Erde zurückkehren soll, um Taekwon V zu rufen. Taekwon V, Hoon, Younghee und Mary dringen in den Alpha-Stern ein und kämpfen gegen dessen Roboter. Der von Taekwon Vs V-Form ausgestoßene Photonenstrahl vernichtet die Monster. Hoon kämpft im Einzelduell gegen die Grüne Königin und gewinnt, wodurch die Kollision des Alpha-Sterns mit der Erde schließlich verhindert wird. In der letzten Szene wird Mary, nachdem sie von einem mysteriösen, unbekannten Licht getroffen wurde, zu einem Menschen. War dies ein Geschenk des Himmels für all die guten Taten, die sie vollbracht hat?