Während der außerirdische Wahnsinnige Andro, der Andromeda erobert hat, einen Plan zur Eroberung der Erde schmiedet, gelingt Dr. Han nach langer Forschung der Testflug des Super Mazinger 3. Die Erdexpeditionsstreitkraft von Andromeda versucht, Spezialagenten getarnt in Dr. Hans Labor einzuschleusen, um den Super Mazinger 3 zu eliminieren, scheitert jedoch. In der Zwischenzeit entführt das Erdaufklärungsteam von Andromeda die Erdlinge von der Weltraumforschungsstation der Erde und bringt sie nach Andromeda. Dr. Han, Taeho, Jebbi und Ddungbo besteigen den Super Mazinger 3 und machen sich auf den Weg nach Andromeda. Der Super Mazinger 3 dringt in die Basis von Andro ein, rettet die Erdlinge mit unerschrockenen Taten, stellt den Frieden im Universum wieder her und kehrt dann sicher zurück.