بعد التحرير، بدأت مذابح المدنيين الجماعية في كوريا الجنوبية بحادثة منجم فحم هواسون في أغسطس 1946 وانتفاضة أكتوبر في دايغو. كانت "انتفاضة أكتوبر" في دايغو، التي وقعت تحت الإدارة العسكرية الأمريكية وانتشرت في جميع أنحاء كوريا الجنوبية، "حادثًا أثاره المدنيون وبعض القوى اليسارية، الذين استاءوا من توظيف الإدارة العسكرية لمسؤولين موالين لليابان، وتأخير الإصلاح الزراعي، والتنفيذ القسري لسياسة مصادرة الغذاء، وعارضوا الشرطة والسلطات الإدارية". كانت هذه الحادثة بمثابة مقدمة لمذابح المدنيين اللاحقة، حيث أصبح المتعاونون الموالون لليابان الذين قمعوا وأعدموا المقاتلين من أجل الاستقلال المناهض لليابان رؤساء للشرطة والمؤسسات الحكومية تحت الإدارة العسكرية الأمريكية دون تطهير، مما يمثل بداية تاريخ مناهض للتاريخ. كان الطريق إلى البقاء الذي وجده المتعاونون الموالون لليابان، الذين كان يجب تطهيرهم، بالاعتماد على الإدارة العسكرية الأمريكية وسينغمان ري، هو استئصال الشيوعيين. لإخفاء أفعالهم الموالية لليابان والبقاء على قيد الحياة، بدأوا في القضاء على المعارضين للحكومة والقوى اليسارية والقوميين. وفقًا لاستطلاع رأي للإدارة العسكرية الأمريكية في عام 1946، رغب حوالي 78٪ من سكان كوريا الجنوبية في الاشتراكية، وحوالي 14٪ فقط في الرأسمالية. في هذا الوضع، عين نظام سينغمان ري، الذي افتقر إلى الدعم الشعبي، موالين لليابان وشخصيات يمينية لارتكاب مذابح ضد الجماعات والمدنيين الذين يعيقونه سياسيًا. بعد انتفاضة جيجو 4.3 في عام 1947 وحادثة يوسو-سونتشون في عام 1948، بدأ نظام سينغمان ري في بناء دولة معادية للشيوعية من خلال القضاء على اليمين المحافظ والقوى اليسارية. مع اندلاع الحرب الكورية، تكثفت مذابح المدنيين على نطاق واسع. أصبحت رابطة حماية الشعب (Gukmin Bodo Yeonmaeng)، التي تأسست لتوجيه وتنوير العناصر اليسارية، هدفًا للمذابح واسعة النطاق في بداية الحرب الكورية. كما ارتكب الجيش والشرطة من أصل موالٍ لليابان مذابح أكثر وحشية لضمان بقائهم على قيد الحياة. أصبحت الولايات المتحدة، التي تولت القيادة التشغيلية في وقت الحرب خلال الحرب الكورية، أيضًا طرفًا في مذابح المدنيين. خلال هذه الفترة، ارتكبت مذابح للمدنيين أيضًا من قبل جيش الشعب المنسحب ومكاتب الأمن الداخلي والقوى اليسارية المحلية.